王海军（副院长）：主管人事、科研与财务工作，负责省级重点实验室的建设与管理，兼“双一流”（含学科群）建设秘书。

常凤琴（副院长）：主管社会服务工作，负责省级野外台站及高原湖泊治理与研究中心的建设与管理。

周起超（党支部书记）：主持湖泊院党支部工作，主管党务、宣传、资产与实验室安全工作，负责教学与学生事务。